La tercer etapa de la respiración celular es la cadena de transporte de electrones. Tal como hemos visto, la cadena obtiene electrones del transportador de hidrógeno NADH, la forma reducida del NAD . Otro transportador de hidrógeno relacionado, denominado FAD (flavín adenina dinucleótido) también transporta algunos electrones desde el ciclo de Krebs hasta la cadena transportadora de electrones. La forma reducida del FAD es el FADH.

De esta forma, la glucólisis y el ciclo de Krebs son etapas liberadoras de energía que extraen electrones de las moléculas de alimento mientras degradan a estas moléculas hasta formar CO . El NAD y el FAD capturan temporalmente los electrones y los conducen hasta el comienzo de la cadena transporte de electrones. La cadena utiliza entonces el flujo cuesta abajo de los electrones desde el NADH y el FADH hasta el O para bombear iones H a través de la membrana. Este proceso almacena energía que la ATP sintetizada utiliza para producir la mayor parte del ATP de la célula por quimiósmosis.

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