Nace en Montbard, el 16 de octubre de 1374, siendo bautizada el día 22 de ese mismo mes en el castillo de Monfort. Tercera de los hijos de Felipe II y de Margarita III de Dampierre, duque de Borgoña.

Dentro de las políticas de enlaces matrimoniales imperantes en la época, Margarita es prometida en matrimonio el 11 de abril de 1385 con Guillermo IV, duque de la Baja Baviera, con el que tendrá una hija. Margarita fallece el 8 de marzo de 1441 en Le Quesnoy, siendo enterrada en ese mismo lugar en la iglesia des Jacobins.

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